La vertebrate s-au diferenţiat două tipuri de organe specializate în schimbul de gaze: branhiile şi plămânii.
Branhiile funcţionează la ciclostomi, peşti şi larvele amfibienilor.
Plămânii funcţionează la tetrapode.
Amfibieni
La amfibieni, plămânii au aspectul unor saci cu pereţii netezi sau uşor cutaţi. De aceea suprafaţa de schimb nu este suficient de mare pentru a asigura tot oxigenul necesar. Amfibienii respiră şi prin piele care este subţire, foarte vascularizată şi umedă. Această ultimă particularitate impune o costrângere ecologică: dependenţa de mediul acvatic. Căile respiratorii sunt scurte. Ventilaţia pulmonară se bazează pe mişcările planşeului bucal care urcă şi coboară, pompând aerul.
Reptile
La reptile plămânii au tot formă de sac, dar pereţii au o pliere mai pronunţată. De aceea suprafaţa de schimb creşte faţă de cea a amfibienilor, fapt care nu mai face necesară respiraţia tegumentară. Căile respiratorii sunt mai lungi şi condiţionează mai eficient aerul. Apar cavităţi nazale separate de cavitatea bucală.
Păsări
La păsări sistemul respirator are o structură originală. În plămâni, bronhiile se ramifică. Cele mai subţiri bronhii sunt înconjurate de capilare şi la acest nivel are loc schimbul de gaze (deci, nu există alveole pulmonare). Unele bronhii străbat plămânii şi se dilată în afara plămânilor formând saci aerieni. Aceştia au un volum mult mai mare decât al plămânilor şi sunt plasaţi printre organele interne, uneori pătrund chiar şi în oase.
La pasărea în repaus, mişcările respiratorii se bazează pe variaţia în volum a cavităţii toracice. În zbor, cavitatea toracică trebuie să ofere un suport imobil pentru muşchii aripilor. Acum acţionează sacii aerieni: Când pasărea ridică aripile, sacii aerieni aspiră aerul care trece prin plămâni în saci. Când aripile coboară, aerul expulzat din saci trece încă o dată prin plămâni. Sacii aerieni contribuie şi la scăderea densităţii păsărilor.
Homeoterme / Poikiloterme
Schimburile de gaze eficiente permit păsărilor o bună aprovizionare a ţesuturilor cu oxigen. Celulele pot produce prin respiraţie suficientă căldură pentru ca păsările, spre deosebire de vertebratele mai primitive, să aibă temperatură constantă (sunt homeoterme).
Ciclostomii, peştii, amfibienii şi reptilele sunt animale poikiloterme – cu temperatura variabilă.